Eesti on olnud IOMi vaatleja alates 1998. aastast. Liikmestaatus saadi 2004. aastal. Aastate jooksul on põhilised tegevusvaldkonnad olnud inimkaubandusvastane tegevus, integratsioon, ametnike teadlikuse tõstmine ja abi migrantidele.

IOM-i Eesti kontori põhilisteks tegevusvaldkondadeks on:

  • Toetatud vabatahtlik tagasipöördumine ja reintegratsioon
  • Kultuuriline orientatsioon varjupaigataotlejatele ja rahvusvahelise kaitse saajatele
  • Tehniline koostöö ja ametnike teadlikuse tõstmine
  • Ühiskonna teadlikkuse tõstmine