Эстония имеет статус страны-наблюдателя с 1998 года, а Миссия МОМ в Эстонии была открыта в 2004 году. В течение прошедших лет деятельность представительства организации в Эстонии была сфокусирована на проведении кампаний против незаконного трафика людей, интеграционных проектах, укреплении потенциала МОМ, обучении специалистов и обеспечении помощи мигрантам. С 2011 года к основным сферам деятельности Миссии МОМ в Эстонии относятся в первую очередь:

  • помощь в добровольном возращении на родину и реинтеграции
  • техническое сотрудничество и укрепление потенциала
  • и ознакомительные, информационные кампании